Основание и первые годы
История авиапредприятия берет начало 10 июля 1943 года, когда был образован Свердловский объединённый авиаотряд, базировавшийся в аэропорту «Кольцово». Первым подразделением стал 3-й авиационно-транспортный отряд, прибывший 28 августа 1943 года. Его авиапарк включал самолёты ЛИ-2, Си-47 и Ю-52. В годы войны отряд выполнял задачи по снабжению войск, доставке грузов и десанта, а после ее окончания приступил к гражданским перевозкам.
В июле 1945 года экипажи 3-го авиаотряда выполнили первые гражданские рейсы на самолётах ЛИ-2 в Москву и Минеральные Воды с промежуточными посадками.
Развитие в советский период
В связи с ростом перевозок в 1948 году был дополнительно организован 17-й авиационно-транспортный отряд, также оснащённый самолетами ЛИ-2. 1 сентября 1952 года летная служба была реорганизована: в результате объединения 3-го и 17-го отрядов был создан 120-й авиационный отряд. Экипажи летали по всему Советскому Союзу, а в 1956 году отряд начал освоение самолёта Ил-12. В конце 1950-х годов в отряд поступили новые самолёты Ил-18.
1 января 1963 года в Кольцово появилось единое авиапредприятие — Свердловский объединённый авиаотряд Уральского управления гражданской авиации. Позднее лётную службу преобразовали в два отряда: 120-й (Ил-18) и 318-й (Ан-12, Ан-24). В 1970 году Свердловский авиаотряд начал эксплуатацию самолёта Як-40, а в 1974 году — Ту-154.
Становление авиакомпании
В 1991 году Свердловский объедённый авиаотряд был преобразован в Первое Свердловское государственное авиапредприятие.
Ключевой датой стало 28 декабря 1993 года. В результате разделения и приватизации предприятия были созданы два акционерных общества: АООТ «Аэропорт Кольцово» и АООТ авиакомпания «Уральские авиалинии».
Первый миллионный пассажир был перевезён авиакомпанией в 2006 году. Этот год стал знаковым, так как была запущена программа обновления авиапарка. Самолёты советского производства начали постепенно выводиться из эксплуатации, уступая место однотипным узкофюзеляжным самолётам семейства А320 концерна Airbus. Одновременно с изменением парка воздушных судов компания провела ребрендинг, в ходе которого были созданы новый логотип и дизайн ливреи.